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2026年5月1日,《自然》(Nature)杂志发表了一项合成生物学领域的突破性研究:科学家成功将细胞的遗传密码从生命通用的20种氨基酸缩减至19种,并证明核心生命机制仍能在这一简化框架下正常运行。这一发现为理解生命起源、设计新型生物制造系统开辟了新路径。

研究背景

自生命诞生以来,地球上所有已知生物都使用相同的20种氨基酸来构建蛋白质。这一"标准遗传密码"被认为是生命进化过程中高度优化的结果。然而,科学家长期以来一直好奇:这20种氨基酸是否都是必需的?能否在不影响生命功能的前提下精简这一系统?

据《自然》报道,这项研究由一个跨学科团队主导,他们利用AI辅助设计策略,对大肠杆菌(E. coli)的基因组进行了系统性重构。

研究方法

Scientific American介绍,研究团队首先使用AI算法分析了蛋白质结构数据库,识别出所有依赖特定氨基酸(色氨酸,tryptophan)的关键位点。随后,他们通过以下步骤实现了遗传密码的缩减:

  1. 重新编码基因组:将基因组中所有色氨酸密码子替换为另一种氨基酸的密码子
  2. 蛋白质工程:利用AI预测并设计替代氨基酸,确保蛋白质的三维结构和功能不受影响
  3. 释放密码子空间:移除色氨酸后,释放出的密码子可用于编码非天然氨基酸

研究团队发现,经过重新设计的细胞不仅能够正常生长繁殖,其核心代谢机制和蛋白质合成系统的运行效率也未受到显著影响。

科学意义

Ars Technica指出,这项研究的深远意义在于:

  • 生命起源研究:如果生命可以在19种氨基酸的框架下运行,那么早期地球上的原始生命可能并不需要完整的20种氨基酸系统,这为生命起源研究提供了新的思路
  • 合成生物学:释放的密码子空间可用于编码非天然氨基酸,从而创造出具有全新功能的蛋白质和生物材料
  • 生物安全:经过重新编码的生物体在自然界中难以与野生菌株发生基因交换,为工业生物制造提供了"生物防火墙"

AI的关键角色

值得注意的是,AI在这项研究中扮演了核心角色。研究团队利用机器学习模型预测了数千种蛋白质突变的结构影响,筛选出能够在替代氨基酸环境下保持功能的变体。如果没有AI的辅助,这一规模的蛋白质工程在计算上几乎不可行。

该研究团队表示,下一步目标是将遗传密码进一步缩减至18种甚至17种氨基酸,同时探索释放出的密码子空间在生物制造中的应用潜力。

来源: Nature · Scientific American · Ars Technica